但是档案工种是特殊工种，人力资源和社会保障

公司未支付保健费且人社局未认定特殊工种影响退休不合理。依据《特殊工种退休审批规定》，特殊工种应享优惠退休年龄，需严格审批，公司未履行责任可能导致您无法享受应有权益，造成经济损失。
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公司未付保健费且未认定特殊工种，可如此处理：1.与公司协商，要求支付保健费用并协助人社局认定工种；2.若公司不配合，向人社局提出书面申请，要求重新认定；3.如人社局仍未认定，可申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身权益。
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处理此问题可申请行政复议或提起行政诉讼。建议先与公司沟通解决保健费用问题，并请求人社局重新认定工种。若协商无果，再考虑法律途径，根据具体情况选择最适合的维权方式。